Është një ndër përfaqësuesit më të shquar të gjuhësisë shqiptare. Lindi më 7 gusht 1908 në Gjirokastër.

Mësimet e para i  mori në këtë qytet të lindjes. Atje ai mbaroi më 1921 shkollën qytetëse me përfundime të shkëlqyera. Atje, në gjirin e familjes dhe në rrethin e bashkëqytetarëve të tij, të njohur për dashurinë e madhe për Atdheun dhe për arsimin, u mbrujt edhe karakteri i tij. Pas mbarimit të shkollës qytetëse ai fitoi të drejtën e një burse të dhënë nga Prefektura  e atëhershme e Gjirokastrës për të vazhduar studimet e mesme dhe të larta jashtë shtetit. Dhe kështu ai nisi, ashtu si edhe të rinj shqiptarë të tjerë, rrugën e mërgimit në kërkim të diturisë.

Për të vazhduar studimet, Eqrem Çabej u dërgua në Austri. Para se të hynte në ndonjë shkollë, iu desh të qëndronte një vit pranë familjes Reinmyler, në St. Pölten afër Vjenës, për të mësuar gjermanishten. Rasti e solli që të binte në një familje të kulturuar dhe dashamirëse, që u kujdes për të si ta kishte birin e vet. Gjatë qëndrimit pranë kësaj familjeje ai punoi shumë për ta përvetësuar sa më shpejt gjermanishten. Duke lënë përshtypje shumë të mira jo vetëm me zellin e madh, por edhe me sjelljen shembullore. Dëshira  për t´u bërë sa më i vlefshëm për Atdheun, e nxiti atë që, pas një viti qëndrimi në St. Pölten, vitin tjetër të merrte njëherësh dy klasa të gjimnazit që e mbaroi shkëlqyeshëm në vitin 1926 në Klagenfurt të Austrisë. Dhe këtu fillon faza kritike për të ardhmen e këtij të riu të talentuar. I ati, një gjykatës i diplomuar në Dar - ul - Hukuk të Stambollit, i nisur nga dëshira që i biri të kishte një të ardhme të sigurt, e këshilloi të vazhdonte universitetin për mjekësi. Por i biri kishte tjetër dëshirë e tjetër mendim. Ai donte të bëhej gjuhëtar. “Gjuhësia është për pasanikët, - i tha i ati prerazi, - kurse neve na duhet një zanat që të na sigurojë jetën“. Atëherë djali, „i bindur“, u regjistrua në Fakultetin e Mjekësisë të Universitetit të Romës. Por këtu ai më fort shkonte të studionte vepra gjuhësore e letrare nëpër bibliotekat romane. Në këto rrethana, babai i urtë e la të lirë të birin të bënte ashtu si donte vetë, por jo edhe pa i thënë: “Paç vetën në qafë, o bir!“. Pra, faza vendimtare për të ardhmen e të riut Çabej nis atëherë kur ai fitoi „lirinë“ për të ndjekur degën që i pëlqente. Në vitin akademik 1927 - 1928 u regjistrua në Fakultetin Filozofik të Universitetit të Gracit, ku ndoqi studimet për dy gjashtëmujorë (semestra). Pastaj studimet i vazhdoi në Universitetin e Vjenës.

Dega e gjuhësisë në Fakultetin Filozofik të Universitetit të Vjenës kishte një traditë të vyer. Aty kishin punuar profesorë të tillë të shquar si sllavistët e njohur Franc Miklosiç (Miklosich) (1813 - 1956), Vatroslav Jagiç (1838 - 1923), romanisti me emër Vilhelm Majer - Lybke (Myer - Lübke) (1861 - 1936) etj. Në kohën që u regjistrua Çabej, në atë universitet punonin, ndër të tjerë, indoeuropianisti dhe grecisti i njohur P. Kreçmer (P. Kretschmer) (1866 - 1956), albanologu i dëgjuar Norbert Jokl (1877 - 1942), arkeologu dhe historiani i njohur Karl Paç (K. Patsch) (1865 - 1945) etj. Të kujtojmë se në Austri ishte krijuar një traditë e mirë edhe për studimin e historisë së gjuhës shqipe dhe të historisë së popullit shqiptar.

Norbert Jokli, duke e çmuar talentin e studentit të ri shqiptar, e mbajti afër atë dhe kështu u zhvillua midis tyre një miqësi e ngushtë dhe një bashkëpunim i frytshëm, që ndihmoi aq shumë për ta përudhur Çabejn e ri në studimin e thelluar shkencor kur ishte ende student. Në përputhje me kërkesën e Universitetit të Vjenës që, për ta marrë diplomën me gradën e doktorit në profilin përkatës studenti duhej të mbaronte një disertacion, diplomanti E. Çabej zgjodhi për këtë qëllim temën Studime italo - shqiptare (Italoalbanische Studien). Për këtë disertacion ai punoi me zell të madh dhe shkoi e mblodhi material pranë arbëreshëve të Sicilisë në vitin 1932. Disertacioni u mbrojt më 7 tetor 1933 para prof. dr. Paul Kreçmerit, prof. dr. Norbert Joklit dhe prof. dr. Karl Paçit dhe për këtë atij  iu dha diploma për gradën doktor nga Univrsiteti i Vjenës. Diploma është nënshkruar nga të tre profesorët e lartpërmendur përkrah vlerësimit shkelqyeshëm (Ausgezeichnet).

Disertacioni prej 145 faqesh të daktilografuara përbëhet prej pesë kapitujsh. Kreu i parë bën fjalë për emigrimin e arbëreshëve dhe përhapjen e tyre në Italinë e Jugut dhe në Sicili (f. 1 - 50). I dyti përmban një skicë të sistemit gramatikor (f. 51 - 94). Në kreun e tretë trajtohet fjalëformimi dhe fjalori (f. 95 - 113); prapashtesat romane, etimologjia popullore, kalke gjuhësore dhe huazime (gjermane, turke, arabe). Në kreun e katërt janë përfshirë tekste dhe mjekësia popullore; 2 përralla; 3. këngë, ballada e Konstandinit të vogël, ringjallja e Lazërit. Kreu i pestë përmban një fjalorth.

Pas mbarimit me sukses të studimeve universitare 25 - vjeçari Eqrem Çabej u  kthye përfundimisht në Shqipëri, me diplomën e Universitetit të Vjenës në xhep dhe me dëshirën e zjarrtë për t´i vënë dituritë dhe energjitë e tij në shërbim të Atdheut.

Në kohën që u kthye Çabej në Shqipëri, kriza ekonomike që kishte përfshirë gjithë botën, këtu kishte sjellë pasoja edhe më të mëdha, që mplekseshin edhe me rrjedhojat e një prapambetje të madhe në fushën e arsimit dhe të kulturës. Nga plaga e rëndë e analfabetizmit vuanin mbi 80 për qind e popullsisë. Edhe në ato pak shkolla të mesme që mbaheshin në këmbë, niveli i përgatitjes së nxënësve, me gjithë përpjekje të mëdha të disa arsimtarëve atdhetarë si Aleksansër Xhuvani, Kostaq Cipoja, Ahmet Gashi, Vasil Vunjau, Kolë Paparistoja, Sotir Papahristoja, Sotir Kuneshka, Minella Karajani, Hysni Babametoja, Gjergj Cancoja etj. ishte ende larg nivelit mesatar të kohës. Tekstet mësimore ishin shumë të pakta dhe numri i nxënësve nëpër ato shkolla ishte shumë i vogël në krahasim me nevojat të një vendi të prapambetur, siç ishte Shqipëria e asaj kohe. Në këto rrethana u kthye i diplomuari i Universitetit të Vjenës në Tiranë, ku u mor vendimi për ta emëruar nëndrejtor të konviktit „Malet tona“, pranë gjimnazit të Shkodrës, me të drejtën për të dhënë edhe orë mësimi në atë shkollë. Në këtë gjimnaz, të themeluar në vitin 1922, Çabej zhvilloi lëndën e letërsisë shqipe. Por, siç del edhe nga teksti Elemente të gjuhës e të literaturës shqipe (për shkolla të mesme), botuar prej tij më 1936, në orët e mësimit ai jepte edhe njohuri për gjuhën shqipe dhe folklorin shqiptar.

Në vitin shkollor 1935 - 1936 Çabej u transferua në shkollën Normale, ku - ashtu si në Shkodër - ka lënë përshtypje shumë të mira jo vetëm për kulturën e gjerë, por edhe për sjelljen dhe lidhjet e tij me nxënësit. Edhe në Normalën e Elbasanit Çabej qëndroi vetëm një vit. Që andej u transferua në Ministrinë e Arsimit për t´u marrë me drejtimin e arsimit të mesëm. Me sa kuptohet nga qëndrimi i tij, ai nuk e kishte mirëpritur një emërim të tillë. Me një lutje më datë 17. 12. 1936, drejtuar Ministrisë së Arsimit, ai kërkon që për arsye shëndetësore të transferohet nga ai dikaster e të riemërohet si profesor i letërsisë në liceun e Tiranës. Por një kërkesë e tillë, më sa duket, nuk u pëlqeu drejtuesve të atij dikasteri, të cilët vendosën ta hiqnin qafe „me lezet“, duke e dërguar që "të mësonte“ në Shkollën e Plotësimit Ushtarak! Duke qenë se vuante nga një sëmundje mushkërish, ai kërkoi që të lirohej nga një detyrim i tillë, por lutja e tij jo vetëm që nuk u mor parasysh, pore dhe i solli kokëçarje të tjera. Me "çështjen Çabej“ u mor më në fund edhe Këshilli i Ministrave të asaj kohe, i cili vendosi që Çabej, pas mbarimit të Shkollës së Plotësimit Ushtarak, të transferohej si profesor në Gjirokastër dhe që, po të tregonte shenja të tjera të padëshiruara, kundër tij të merreshin masa edhe më të rënda.

Gjatë vjetëve 1938 - 1939 e gjejmë përsëri arsimtar, kësaj radhe në Gjirokastër, ku vazhdoi të jepte mësimin e letërsisë të bashkërenduar me elemente të gjuhës shqipe. Edhe këtu Eqrem Çabej ka lënë përshtypje shumë të mira.

Në vitin shkollor 1939 - 1940 Çabej u transferua në gjimnazin e Tiranës ku u ngarkua me drejtimin e shkollës. Me sa duket, autoritete pushtuese (fashistët pushtues italianë në Shqipëri, nën. imi. A. S.) shpresonin ta bënin për vete këtë profesor me kulturë, që kishte fituar emër të mirë me studimet dhe botimet e tij. Por u gabuan. Ai ishte njeri që nuk gënjehej nga të joshurat e armiqve dhe nuk bëhej në asnjë mënyrë vegël e tyre.

Në këto rrethana autoritetet pushtuese italiane e larguan "me lezet“ Çabejn nga Shqipëria, duke i gjetur një "punë shkencore“ pranë Akademisë së Shkencave në Romë“. Këtu ai e shfrytëzoi qëndrimin e tij të mbikëqyrur, për të punuar për Atlasin gjuhësor shqiptar.

Gjatë qëndrimit në Romë autoritetet italiane më 1942 dhe gjermanët më 1943 i propozuan që të bëhej ministër i Arsimit në qeverinë kuislinge të Tiranës, por ai nuk e pranoi. Lidhur me këto propozime ai shkruan, ndër të tjera, në autobiografinë e tij: “Kam hedhur poshtë çdo propozim për bashkëpunim me të huajin, çdo gjë që nuk pajtohet me nderin tim si shqiptar dhe me të mirën e vendit e të popullit“.

Në Romë Çabej qëndroi deri në korrik të viti 1944, kur ende zinte Lufta e Dytë Botërore. Atëherë ai vendosi të kthehej në Shqipëri ku, më në fund, arriti pas një udhëtimi shumë të vështirë me anë të bregdetit dalmat në një kohë që atje, siç dihet, ziente lufta partizane kundër nazistëve gjermanë.

Pas Çlirimit të Shqipërisë edhe për Çabejn fillon një jetë me perspektiva të mëdha. . Ai filloi të mbajë ligjërata nga lëndët linguistikë dhe albanologji në Shkollën e Lartë të Tiranës, qysh më 1946. Ai vazhdoi punën pedagogjike edhe më pas në Institutin Pedagogjik katërvjeçar dhe sidomos në Fakultetin e Historisë e të Filologjisë, që u ngrit mbi bazën e Institutit katërvjeçar në kuadrin e Universitetit të Tiranës, që u krijua  në vitin 1957. Këtu ai zhvilloi për shumë vjet lëndën Hyrje në historinë e gjuhës shqipe dhe Fonetika historike e shqipes, për të cilën hartoi edhe tekstin përkatës, që është ende në përdorim.

1. Tekste italo-shqiptare (1935).
2. Elemente dialektore nga Italia.
3. Marrëdhëniet midis shqipes dhe rumanishtes.
   
4. Shprehje dhe frazeologji paralele në gjuhët ballkanike. 
   
5. Atlasi gjuhësor shqiptar.

Nga fusha e folklorit dhe e letërsisë mund të përmendim ndër të tjera:

1. Kënga e Lenorës në poezinë popullore shqiptare.
   
2. Zakone dhe doke të shqiptarëve.
   
3. Konstandini i vogëlith dhe kthimi i Odiseut.
   
4. Për gjenezën e literaturës shqipe.
   
5. Kulti dhe vijimi i hyjneshës Diana në Ballkan.
   

Nga studimet me karakter të përzier (gjuhësor, letrar dhe folklorik) duhen përmendur sidomos Studime italo - shqiptare dhe teksti për shkolla të mesme Elemente të gjuhësisë e të literaturës shqipe (me pjesë të zgjedhura). Ky tekst, siç del edhe nga vetë titulli, është ndarë në tri pjesë. Në pjesën e parë (f. 10 - 22) jepen disa njohuri të përmbledhura mbi gjuhën, mbi gjuhët e botës, mbi gjuhët indoevropiane dhe mbi gjuhën shqipe. Në pjesën e dytë (f. 24 - 62) jepen njohuri të përmbledhura për shkrimtarët e vjetër shqiptarë dhe arbëreshë, për shkrimtarët e shekullit XIX dhe të fillimit të shekullit XX si dhe për poezinë popullore shqiptare dhe arbëreshe. Në pjesën e tretë (f. 64 - 201) janë radhitur pjesë të zgjedhura nga shkrimtarët e vjetër shqiptarë dhe arbëreshë, nga shkrimtarët shqiptarë dhe arbëreshë të shekullit XIX dhe të fillimit të shekullit XX, si dhe nga poezia popullore e arbëreshëve të Greqisë dhe të Italisë të shekullit XIX dhe të fillimit të shekullit XX, si dhe nga poezia popullore e arbëreshëve  të Greqisë dhe të Italisë dhe nga Shqipëria.

Veprimtaria shkencore e Çabejt mori një zhvillim shumë të madh në fazën e dytë, d. m. th. pas Çlirimit, kur ai punonte pranë ish - Institutit të Shkencave dhe më vonë pranë Institutit të Gjuhësisë dhe të Letërsisë, dhe njëkohësisht edhe si pedagog në shkollën e lartë. Si punonjës shkencor, krahas punës së madhe që bëri për zhvillimin e temave të planit vetjak nga fusha e gjuhësisë, ai dha ndihmesa me vlerë edhe në kryerjen e disa punimeve në bashkëpunim me gjuhëtarët të tjerë. Këtu duhet përmendur, në radhë të parë, bashkëpunimi i tij i frytshëm me profesor Aleksandër Xhuvanin për hartimin e monografive Parashtesat e gjuhës shqipe (1956) dhe Prapashtesat e gjuhës shqipe (1962), që janë dy nga studimet shkencore më të rëndësishme të gjuhësisë shqiptare. Çabej ka bashkëpunuar edhe në mjaft vepra të tjera kolektive, si në përgatitjen e Fjalorit serbo - kroatisht - shqip (1947) dhe në hartimin e 13 terminologjive për shkenca të ndryshme. Ai ka bashkëpunuar gjithashtu edhe në redaksitë e revistave shkencore të ish - Institutit të Shkencave dhe të Institutit të Gjuhësisë e të Letërsisë, në komisionet përgatitore të konferencave dhe sesioneve shkencore të organizuara nga Instituti i Gjuhësisë dhe i Letërsisë, si dhe në komisionin përgatitor të Kongresit të Drejtshkrimit të Gjuhës Shqipe (1972).

Nga fusha e fonetikës dhe të gramatikës historike Çabej ka botuar një mori  artikujsh e studimesh si:

1. Mbi disa rregulla të fonetikës historike të shqipes,
   
2. Disa aspekte të fonetikës historike të shqipes në dritën e gjuhës së Gjon Buzukut, Për historinë e zanores ë  në gjuhën shqipe, Trajtimi i zanoreve iniciale te Gjon Buzuku, Diftongje dhe grupe zanoresh të shqipes, Për historinë e konsonantizmit në gjuhën shqipe, Disa mendime mbi nazalizmin e shqipes etj. Këto studime janë ribotuar më 1988 në një vëllim më vete nga Instituti i Gjuhësisë dhe i Letërsisë i Akademisë së Shkencave të Shqipërisë, me titullin: “E, Çabej, Studime për fonetikën historike të gjuhës shqipe“. Ndërsa nga fusha e gramatikës historike vlen të përmendim: Shumësi i singularizuar në gjuhën shqipe, problemi i nyjave të shqipes, çështja e gjinisë asnjanëse etj.

Duke qenë se studimet diakronike në fushën e shqipes nuk mund të mendohen pa njohur mirë autorët e vjetër, veprat e të cilëve ruajnë edhe mjaft elemente gjuhësore arkaike, ishte e natyrshme që Çabej gjatë veprimtarisë së tij shkencore t´i kushtonte një vëmendje të veçantë edhe njohjes dhe studimit të atyre autorëve. Një punë të madhe bëri ai sidomos për studimin e gjuhës së Gjon Buzukut, veprën e të cilit edhe e ribotoi të transliteruar dhe të traskribuar. Veç kësaj, ai ka botuar edhe artikuj studimorë mbi gjuhën e autorëve të vjetër shqiptarë e arbëreshë. Nga këta duhen përmendur sidomos: Hyrja e gjatë në pjesën e parë të veprës „Meshari Gjon Buzukut I,  Gjon Buzuku, një studim i shumanshëm historiko - gjuhësor, Tekstet e vjetra shqipe dhe disa kritere rreth botimit të tyre, Pjetër Budi dhe gjuha e tij etj
   Në përgjithësi Çabej njihet si një gjuhëtar që është marrë me probleme të historisë së gjuhës shqipe dhe si rrjedhim nga një masë e gjerë pak njihet puna e tij  për shqipen e sotme letrare. Por, po të shihet nga afër veprimtaria e tij shkencore, sidomos në periudhën e dytë, bie në sy se ai është interesuar dhe ka punuar mjaft edhe për gjuhën e sotme letrare. Prandaj këtu do t´i përmendim vetëm disa nga artikujt dhe kumtesat e tij për këtë çështje, siç janë, ndër të tjera: Mbi disa çështje të shkrimit dhe të drejtshkrimit të shqipes, kumtesë e mbajtur në Kongresin e Drejtshkrimit të Gjuhës Shqipe, Për pastërtinë e gjuhës shqipe.

Ai mori pjesë edhe në disa konferenca e kongrese, të mbajtura  brenda vendit, me disa kumtesa, si p. sh.:

1. Detyrat e gjuhësisë shqiptare në lidhje me gjuhën letrare kombëtare e probleme të tjera, diskutim i mbajtur në Sesionin  e dytë shkencor për vitin 1952 të Sesionit të gjuhës e të letërsisë.
   
2. Disa probleme themelore të historisë së vjetër të gjuhës shqipe, kumtesë e mbajtur në Konferencën e Parë të Studimeve Albanologjike me 1962.
   
3. Ilirishtja dhe shqipja, kumtesë e mbajtur në sesionin shkencor Ilirët dhe gjeneza e shqiptarëve, Tiranë, 1969.
4. Problemi i vendit të formimit të gjuhës shqipe, kumtesë e mbajtur në Kuvendin e Parë të Studimeve Ilire, Tiranë, 1972.
   
5. Mbi disa çështje të traditës së shkrimit dhe të drejtshkrimit të gjuhës shqipe, kumtesë e mbajtur në Kongresin e Drejtshkrimit të Gjuhës Shqipe, Tiranë, 1972.
   

1. Die älteren Wohnsitze der Albaner auf der Balkan - halbinsel im Lichte der Sprache und der Ortsnamen (Vendbanimet e hershme të shqiptarëve në Gadishullin Ballkanik në dritën e gjuhës dhe të  emrave të vendeve), kumtesë e mbajtur në VIII Congressio Internazionale di Scienze Onomastiche;
   
2. Der Beitrag des Albanischen zum Balkansprachbund (Kontributi i shqipes në formimin e lidhjes gjuhësore ballkanike), referat i mbajtur në Kongresin I Ndërkombëtar të Studimebve Ballkanike dhe të Evropës Juglindore, Sofje, 19666;
3. Das albanologische Werk Norbert Jokls. (Vepra albanologjike e Norbert Joklit), referat i mbajtur në Kolokiumin Albanologjik Ndërkombëtar të Insbrukut më 1972 etj.

Eqrem Çabej ka botuar një numër të madh artikujsh shkencorë edhe në gjuhë të huaja nëpër revista ose nëpër vëllime përkujtimore në vende të ndryshme të botës.

Vdiq më 13 gusht 1980 në një klinikë të Romës.

Sot emrin e Eqrem Çabejt e  mbajnë me krenari shumë shkolla në Kosovë dhe Universiteti i Gjirokastrës në Shqipëri.